Magyarországon az 1820 -as évek elején vált ismertté, Kossuth és Széchenyi kezelőorvosa Almási Balogh Pál homeopata orvos volt. Bár az Osztrák Magyar Monarchia területén egy ideig hivatalosan tiltották az alkalmazását ,egyre többen érdeklődtek iránta. Az 1831-ben lezajlott nagy kolerajárvány idején hatékony gyógymódnak bizonyult, ennek következtében kissé javult az általános megítélése.
A homeopátiát hátrányosan érintő tiltó rendelkezést visszavonták, de csak pár évvel később. A következő években több homeopátiás magánkórház létesült, de a szabadságharc leverése után ismét megtört a fejlődés íve, ami a kiegyezésig tartott. 1867 után fellendülés kezdődött, kórházi osztályok, homeopátiás járóbeteg rendelés, majd egyetemi tanszék is alakult.
Bár az elismertségért folyamatosan meg kellett küzdeni , egyre több magyar homeopata orvos közölt tudományos cikkeket külföldi szaklapokban. Komoly sikerként könyvelhető el, hogy 1935-ben, a X. Nemzetközi Kongresszust Budapesten tartották. A háborút követően sok szakember külföldre távozott, a patikákat államosították, a homeopátiás gyógyszerek elérhetetlenné váltak.
Ismét gyanús, elfogadhatatlan eljárásnak számított a homeopátia, a vezető ideológiával összeegyeztethetetlen. Pár lelkes szakember, orvos, gyógyszerész, folyamatos kitartó munkájának, bátorságának köszönhetően azért titokban folyt a gyógyítás., tapasztalatcsere, egyéni képzés. Ennek eredményeként a homeopátia nem merült teljesen a feledés homályába és fenn tudott fennmaradni Magyarországon. Csak a rendszerváltást követően alakulhatott meg elsőként a Magyar Homeopata Egyesület és válhatott nagyobb tömegek számára elérhetővé a képzés és gyógyítási módszer.
